- alergické reakce
- toxické projevy (postižení ledvin, jater, krve, sluchu, nervového systému)
- potlačení normální mikrobiální flóry
- vznik rezistence
- imunosupresivní účinek - potlačení aktivace imunitního systému
- teratogenita - riziko vzniku deformit plodu během těhotenství
Průjem spojený s užíváním antibiotik může vzniknout v 5 až 30 % případů, přičemž tento poměr se zvyšuje s tím, jak se rozšiřuje spektrum podávaných léků. Může být důsledkem narušení ochranné bariéry vytvářené mikroflórou tlustého střeva.
Ve 20 až 30 % případů využívá bakterie zvaná Clostridium difficile tohoto narušení k osídlení střev, přičemž produkuje toxické látky vyvolávající průjem. Průjem spojený s touto bakterií je hlavní příčinou výskytu tzv. nemocničních průjmů, které prodlužují dobu hospitalizace a mohou i zvyšovat úmrtnost.
